Een airco kent niet alleen voordelen, maar helaas ook nadelen. Zo kunt u bijvoorbeeld makkelijk verkouden worden van een airco en indien de airconditioning niet goed wordt onderhouden kan er verontreinigde lucht ontstaan in de ruimte waar deze geplaatst is. De airco onttrekt tijdens het afkoelingsproces water aan de warme lucht. Het vocht condenseert op de warmtewisselaar. Het systeem is derhalve aan een zijde zeer koel, aan de andere zijde warm, want daar wordt de warmte afgevoerd.
Nadeel: vocht en warmte bieden samen een ideale voedingsbodem voor een tal van kiemen zoals virussen, bacteriën en schimmels (de risico’s van microbiële besmetting). In het ongunstigste geval woekert zelfs de legionellabacterie, die bijzonder gevaarlijk kan zijn voor mensen met een verzwakt afweersysteem en die de veteranenziekte kan veroorzaken. Airconditioning verergert oogaandoeningen zoals conjunctivitis (oogbindvliesontsteking) en blefaritis (ontsteking van de ooglidranden) en veroorzaakt problemen voor contactlensdragers. Ook droge ogen en geïrriteerde ogen komen sneller tot uiting bij het gebruik van airconditioning.
Mensen die in omgevingen met airconditioning werken, ervaren sneller chronische hoofdpijn en vermoeidheid. Mensen die tewerkgesteld zijn in gebouwen met constante koele lucht kampen vaker met constante irritatie van de slijmvliezen en ademhalingsmoeilijkheden. Hierdoor zijn mensen meer vatbaar voor een verkoudheid, de griep en andere ziekten. Maar als de filters en de verdamper in de airco niet regelmatig worden onderhouden, krijgen niet alleen pollen maar ook bacteriën en schimmels er vrij spel. De luchtkwaliteit vermindert en uiteindelijk kan de airco een ziekmakend systeem worden.